MI Muhammadiyah Serangrejo merupakan sekolah swasta yang dulu didirikan oleh tokoh-tokoh masyarakat serangrejo, diantaranya adalah Bapak Kasan Suhadi (almarhum) mantan carik desa Kulwaru dan Bapak Solikin Projo Siswoyo, mantan camat Ngemplak Sleman. Mereka menginginkan anak-anak yang ada di lingkungan itu bersekolah pada sekolah yang menanamkan ajaran agama Islam, meskipun keadaan sekolah pada saat itu masih agak jauh dari SD Negeri.

Secara singkat MI Muhammadiyah Serangrejo berdiri pada tanggal 1 Januari 1963, tetapi pada waktu itu namanya adalah MI Al-Iman. Karena tidak mempunyai naungan Yayasan, maka kemudian masuk pada Yayasan Muhammadiyah, sehingga sejak pada tanggal 1 November 1977 menjadi MI Muhammadiyah Serangrejo dengan piagam dari Departemen Agama No: 77/ 009/ C/ I dengan status diakui.

Seiring dengan perjalanan prestasi yang diraih oleh MI Muhammadiyah Serangrejo, maka pada tahun 2001 diakreditasi oleh Departemen Agama Kabupaten Kulon Progo dan lulus, sehingga statusnya menjadi disamakan dengan Surat Keputusan dari Kepala Kantor Departemen Agama Kabupaten Kulon Progo dengan No: MI. 3/ 5/ PP.00.4/ 1627/ 2001. Pada tahun 2011 kembali diakreditasi oleh Badan Akreditasi Propinsi Sekolah/Madrasah Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta dengan hasil yang sangat memuaskan yaitu MI Muhammadiyah Serangrejo sebagai Madrasah terakreditasi dengan peringkat A (Amat Baik/ Unggul).